Mátyás 1468-ban bekapcsolódott a Csehországban folyó háborúba. A hadjáratra a pápa és a III. Frigyes német-római császár kérésére került sor, ugyanis Podjebrád György cseh király a husziták kelyhes irányzatának volt a követője, ami akkoriban eretnekségnek számított. A hadjárat kezdetén, 1468. április 8-án levelet írt Olmützbe arról tájékoztatva a sziléziai várost, hogy a háborúba Protasius olmützi püspök kérésére fogott bele. Ugyanekkor írt a dél-morvaországi Znojmóba és a sziléziai Boroszlóba is. Májusban Mátyás már Znojmóban volt, ahonnan ismét levelet írt Olmützbe. ^[19]

Mátyás a háború első szakaszában elfoglalta a morva városokat és Morvaország nagyobb részét. 1469 május 3-án az Olmützben összehívott rendi gyűlés cseh királlyá választotta, ekkortól kezdve jogilag is ura lett az elfoglalt területeknek. ^[20]

1471-ben meghalt a Csehországot birtokló és Mátyással éppen tárgyalásban lévő Podjebrád és a csehek helyette az ekkor 15 éves lengyel Jagelló Ulászlót választották meg cseh királynak. Ugyanakkor 1471. május 28-án Lorenzo Roverella pápai legátus Jihlavában Mátyást is megerősítette cseh királyi címében. ^[21]

A harcok 1474-ben újultak ki, amikor Ulászló apja, IV. Kázmér lengyel király segítségével rászánta magát arra, hogy fegyverrel űzze el Mátyást. A lengyelek 50 ezer fős, a csehek pedig 15 ezer fős hadsereggel indultak Szilézia meghódítására. Velük szemben Mátyás hatásos haditervet gondolt ki. Mindössze 8000 fős zsoldosseregével vonult Sziléziába, megszállta a várakat, a falvakat felgyújtotta, lakóikat élelmükkel együtt ugyancsak a várakba irányította. Ő maga Boroszlóba vette be magát, amit a lengyel-cseh sereg október 26-án vett ostrom alá. A vidék feldúlása miatt azonban az ostromlók helyi utánpótlás nélkül maradtak, a távolabbról hozott utánpótlást viszont a várakból kitörő magyar csapatok akadályozták meg abban, hogy célhoz érjenek. Szapolyai Istvánt és Kinizsi Pált pedig könnyűlovasságuk élén Lengyelországba küldte portyázni. Végül az ostromlók teljesen demoralizálódtak, ^[22] s a világtörténelemben ritka módon az ostromlók kértek békét az ostromlottaktól. 1474. december 8-án Mátyás és Ulászló 3 évre szóló fegyverszünetet kötött, amelynek érvényét Kázmér királyra is kiterjesztették. ^[23]

1477-ben a korneuburgi béke értelmében Frigyes császár is Mátyást ismerte el cseh királynak, a hagyományos hűségesküt is letétette vele. Ezután Ulászló és Mátyás is újra tárgyalásokat kezdett, s 1478-ban megkötötték a békeszerződést, amelyet 1479. július 21-én ratifikáltak ünnepélyesen Olmützben. ^[24] Ez megerősítette a status quot, amelynek értelmében kölcsönösen elismerték egymás cseh királyi címét, Mátyás megtarthatta Morvaországot, Sziléziát és Lausitzot, a szűkebb értelemben vett Csehország (Bohémia) pedig Ulászló kezén maradt. ^[25] Ulászló a béke értelmében csak Mátyás halála után válthatta vissza területeit 400 ezer aranyforintért. ^[26]

A választófejedelem Ulászló maradt, de Mátyás mindezzel megtette az első lépést annak megszerzése érdekében is. Sőt, ha mint egyesek gondolják, a császári címet akarta Zsigmond példájára megkapni, annak érdekében is. A hadsereg külföldön tartása ugyanakkor előnnyel is, hátránnyal is járt. A zsold maga nagyarányú aranykiáramlást eredményezett, annak „kiegészítése” viszont nem Magyarországot pusztította. ^[27]

Vitéz János és Janus Pannonius vezetésével összeesküvés szerveződött ellene. A szervezkedés székhelye Kolozsvár volt. Mátyás Vitéz Jánost fogságba vetette, Janus Pannonius pedig menekülés közben halt meg. Kolozsvár lakosait csak az mentette meg a büntetéstől, hogy a király itt született.

Utolsó hadjáratát Mátyás 1482-ben kezdte, amelynek során számos osztrák tartományt sikerült megszereznie, 1485-ben elfoglalta Bécset is, amelynek püspökévé Dóczi Orbánt nevezte ki, a meghódított területek kormányzójává pedig Szapolyai Istvánt. Ezek a hódítások Mátyás halála után azonban elvesztek.

1490. április 6-án Bécsben, váratlanul halt meg. Székesfehérvárott temették el. ^[28] Bonfini beszámol arról, hogy az udvari pletykák szerint Mátyást megmérgezték, és ezzel Beatrixot gyanúsították. Orvosi kutatások ezt kétségbe vonják, a leírások ugyanis nem számolnak be mérgezésre utaló tünetekről – valószínűbb a szélhűdés. ^[29] Az egyre növekvő török fenyegetettségre való tekintettel olyan királyra volt szükség, aki Mátyás nyugati figyelmű politikája után ezt a problémát is orvosolni tudja. Trónkövetelőként lépett fel Mátyás törvénytelen fia, Corvin János, Jagelló Ulászló cseh király, valamint János Albert lengyel királyfi. Az ország bárói ezek köré csoportosultak. Corvin János az újjáalakuló ligákkal alkudozva lemondott a trónról, Mátyás III. Frigyessel kötött megállapodását figyelmen kívül hagyták, végül a pesti országgyűlés 1490. július 15-én II. Ulászlót választotta királlyá. Mátyás király hatalmának alapját, a Fekete sereget feloszlatták, rablóbandává fajult maradékát a sereg legendás hadvezére, Kinizsi Pál és Báthory csatában szórták szét. Mátyás halála véget vetett a központosított nemzeti királyságnak.